tnfaip6 Summary [species: Xenopus laevis and Xenopus tropicalis]

Summary

XB-GENEPAGE-988686

Gene Symbol:

tnfaip6

Gene Name:

TNF alpha induced protein 6

Synonyms:

( Add synonyms , Nomenclature history )

Gene Function:

Proteins containing Ca2+-binding EGF-like domains

Protein Function Downloaded from UniProtKB

InterPro

Chromo domain , Chromo-like dom sf , Chromo dom subgr , Chromo/chromo shadow dom [+]

Interactants:

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Diseases:

External Links:

ClinVar, ClinGen, MalaCards, KEGG Disease, DECIPHER, COSMIC, MARRVEL, GTR, DisGeNET, dbVAR, GHR, gnomAD

Xenbase Gene ID

XB-GENE-988687

XB-GENE-988688

XB-GENE-17342048

Gene Symbol

tnfaip6

tnfaip6.L

tnfaip6.S

Chromosome

Chr09

chr9_10L

chr9_10S

Molecules

X. tropicalis

X. laevis.L

X. laevis.S

Genomic Sequence

Version 9.1

>tnfaip6 9.1 
							TCCGATGCAGGAGTGGTTTCCCCTGGAAGACGTTCTATTTAAATTGCTGGAAGATGAAAACTGTGATATTCTTAGTTTTGGTGTTCTTGGAAGAAACCTTTGGATGGGGATTTAAGAACGGAGTCCTCCACAATTCTATATGGTTGGGTAAGCCATTCTTATTTCCTTTGTACATTTTTCAAGTAGTGTAATACTGGAGGAAATAGAGGGTTTAGCCTTAGATTCAAGGATGTGCAATGACTGAATGTTGCCTAGTTTTATATATATAGGCACAGCCTTTGTTACAGTCGCTCAGAGTACATAATAAAACCATAAAAGGATCCCATACAGGACATTTTGGATACAGTGTAAAGTACAGTAATGGGGGAAATGTACAGTATGTCAGTCACTCAATTAAATGAGAAACACAGAGTGCAAAGGAGGTTAACAATTCCATTGTGGGTGCTCTCACGTCTTTATTGCATTACACACTAATTCAGGGAGGGTTCCTCACCTCAGCAGGAATGTGTGGCCCCCCCATCAAACCACTATAGATACCTATTAACCTCTAAACACACAGCCACTATGGAAATGCTGCTTTGTTACACAAACTGGAATTGTGCGTAAGAATTGTTACCAGACTTAGGGAAGATTTTTATATAATAACATTAAGATGGAGCTCAGTTTACATTCGGGCAGTTGTGAAGTGGAGACAGATTTATGCCGTGTTGCACCCATGGTGCTTTGTCTATTCCAAAAATGGTAACAATAATCTTGGGCAGAGGTTTATATAATGCAATGCAGTTGTTGTCTTACATGTTTCTTTTAGTTTCCAATGCAATTATGTATTGTGGGCACCTAAAGGTAAAATTAAACAATAAGGATTTCCAGGAGGTTGATATAAATAAACCAGATGCCTGTTCCGGTCAATGGTGGGCAATTCCACCATCATTCTGTTTAGTGGGGTGTTAGAGCTCAGCACTGCTACGCAGCAACCATGAGCACTATCACCCATCCGAATCCTTACTCCCCAATGAAATCAAATATGGGACGGAATTAATGTGGACAGTGGACAGTGGACACACAAGCAGCGATCTCTGCATTCCCCATGAATAAGCTGTAGTTTTTTAGGTATAAATCCTGATATGACCTGGTTATATTTTTAGTATTAATTTGCTTAAATGTTTTTTCTTTTTTAACGTAATAAATAGATTAATAATATCACATTTGAAGGTACTAGCAAGTGCATAATTGACTCCATAAAGGGTACCTATCACCCCTATATTGTTTCCCCCAATAGAGCCCACACTCCGTTTGGGGGAAACAATAGTTATTTTAAAAAAAAAACTCCCAGCAAATTTTTCTGCAGTGAATTTTTGCACCCGTTTTGCAAAAAAATCAGCCAATGGTGAAACGTGGAAAAAAATCACTACTCAGGTCCTAAGCATTCTGAATAACAGGTCCCATACCTGTATAAACAGGACAAAATACAGGCATATCCTTTCATGACATAACACTATTCTCATAGACATAAATCTCTCTTACAGTGTGCCTTGGAACATTAGACTATTTACTTTTTATTTTACTCCATAGAACCAAAGCAGCTAGAAAACTAAGCATTAGAGGAAAAGCTCAGTCATAATATGTCACAAATTCACAACCCATTTTTACTAAAACCTAGTCAGACCTGTGATGCAAACTTCCCCTTTAAAGACTAATGACAGATGTGCCAAGCTATTTAGGTATTTATTAGGGGTCATTTACCACTGACCAGGGGAAGAAGTGCAAAGTGGGGGGCAGGGGACACTTATGTGCCCCCCTTCCAATGAATATAATGACAAGACTGTTTTTATGAATGAATTAGTATAAGTACAGGTATGGGATCCATTATCCGGAAACCCATTATACAGAAAGCTCCGAATTACGGAAAGCCCATCTCCCATAGATTCCATTTTAATCAAATAATAATTCAATGATTTCCTTTTTCCCTGTAGTAATAAAACAGTACCTGTATTTGATCCCAACTAAGATACAATTACCCCTTATTGGGGGCAGAACAGTCCTATTGGGTTTATTTAATGGTTAAATGATTCCCTTTTCTCTGTAATAATAAAACAGTACCTGTACTTGATCCCAACTAAGATATAATTACCCCTTATTGGGGGCAGAACAGTCCTATTGGGTTTATTTAATGGTTAAATGATTCCCTTTTCTCTGTAATAATAAAACAGTACCTGTACTTGATCCCAACTAAGATATAATTACCCTTATTGGGGGCAGAACAGTCCTATTGGGTTTATTTAATGGTTAAATGATTCCCTTTTCTCTGTAATAATAAAACAGTACCTGTACTTGATCCCAACTAAGATATAATTACCCTTATTGGGGGCAGAACAGCCCTATTGGGTTTATTTAATGGTTAAATGATTCCCTTTTCTCTGTAATAATAAAACAGTACCTGTACTTGATCCCAACTAAGATATAATTACCCCTTATTGGGGGCAGAACAGCCCTATTGGGTTTATTTCATGGTTAAATGATTCCCTTTTCTCTGTAATAATAAAACAGTACCTTGTAACCGATCCCAACTAAGATATAAATAATAATAATTAATTAAATAATTAAATAATAATATTGGATACAGAACAACCGTATTGGGTTTAATTAAGGTTTTATTGATTTTTTAGCAGACTTAAGGTATGGAGATCCAAATTACGGAAATATCCAGAATATCCAGAATACCCATGGTCCCCAGCATTCTGAATAATGGGTCCTATACCTGTACTGGCTACTCAGTAACAAGGGACAGTTATATTATGAACAGTTAACTTAAATATACATTTTCAATCCACTGATTCATTGGTTTCTGGGAACCAGTCTGAATATGAAGTAATGTTCTGCTCAGCCAATGGTTCACGTGGGGACAAAGAATCCACAAGGAAAAGAAAAGGAGATTGGTGAATAACACCTGAAATGTTATATATATACCATTCCAATGTCTTGTGGTGAGCTCATCTTTAGAGATACTTTAACTAATGTGGAACATATGCCTGCACCCCAAGCACATGAAAATCACTATTTATTAAGATGATGAGTTCTTGGGAAAAGCATAACCCTCTTATTGGCAGAAACATCCATGATACAAAAGACTTCAGGGCTTCTGAAAATGATTTCATCACAGATATATGATCCATTATCCAGAACACTTGGGACCTGGGGTTTTTCCGAATAACTGATCTTTCTATAATTTGGATACTTCAAGCCTGATAAAATGTATTTACACATTAAATATACCAATATGGATTCATGCAGCTTAGTTACCATCAATTACAAGCTACTGTTTTATTATGACAGGGAAAAGGGAGATCATATTTAAAAAAAATAGAATTATTTGCTTAAAATGGACTTTCCTGTAATTCAGAGTCTTCTGACATGTTTCTGCATGAGGAATTCCATAGCTGTGCCAGAATTCACATAATGACTATGTAAAATGGCTTAAGTGATGGAAATAATAAGGCCTGGGAGCTTCACACTTTCCAAAAATGTTCAATATAACACTTTCTGCAGCCATTAAACACACTGTAAGCCATTTTTATTATGACTATTGAGTTAACAACTTCCAAAAGCCTAAAAATGCCTGCTTTCCCCCCATATAAAGGTATGGAATCAGTTTTTCAAAAAACCCTTATCCAGAATTATGGGAAAGCCATCCCTTTTAATCAAATAACTCAAATATTTGAAAATATTCTCCTTTTTCTCTGTACAAGTGTGGTATCTATTATCCAGAATGCTGGCTATTGTAATTGGGATCTCCATAGTACGGGTACTGTTTTATTATTACAGAGAAAAGGGAATCATTTAACCATTAAATAAACCCAATAGGGCTGTTCTGCCCCCAATAAGGGGTAATTATATCTTAGTTGGGATCAAGTACAGGTACTGTTTTATTATTACAGAGAAAAGGGAATCATTTAACCATGAAATAAACCCAATAGGGCTGTTCTGCCCCAATAAGGGGTAATTATATCTTAGTTGGGATCAAGTACAGGTACTGTTTTATTATTACAGAGAAAAGGGAATCATTTAACCATTAAATAAACCCAATAGGGCTGTTCTGCCCCCAATAAGGGGTAATTATATCTTAGTTGGGATCAAGTACAGGTACTGTTTTATTATTACAGAGAAAAGGGAATCATTTAACCATTAAATAAACCCAATAGGGCTGTTCTGCCCCCAATAAGGGGTAATTATATCTTAGTTGGGGTACAGTACAGGTACTGTTTTATTATAACAGAGAAAAAGGAAATCATTTAAACAAATGTGATTTATTTGATTAAAATGGAGTCTATGGCAGATGGTCTTCCCATAATTCAGAGCTTTCTGGATAACAGGTTTCCAGATAACGGTTCCTATACCTGTAACAAAACAATACCATTTCCAGAAAACCCAAGTTCACAGGCATTCTGGATAACAGGTCTCAGTCTGTACAGGGCTACATTTAAGAAGCAGAATCATTCATTCTCTCCTGCACTGTTCAGTTGTGCAAGCATCAACACTGATCCTGATTTATATTCCGGATACATAATGTTCCATCTTGACATTATTTTCCTTCCAAGAAGGGAATCCTAGGCCGAAACCTCACAAAATCTGGCACGGGTTATTTTTGATGATCCGAGGATGTGAGTTGATCCGTCAAAAATGTAGCGCTCTGTAAGAATGGAAAGAGAGTGGCCCGATAGGACGTCAACCCATTTGTACTGCCAAAAGCTTTGCATTGTTTTCAAATAAATGATACAAGTTTGTGTACAAAACATTTACACCCCCAAGTGCTTTGGAAAGGGCGGGGGAATCCATCCTAGAATTTCTGACTGCATAATATAAGCTCAGTGAGGAAAATGTAAATCCTGAAATTAATGTAAAAATTCTGAGCAATTTTGAATTTACTTTTTTTCTAGTTTTCCTTATAGCAGTCTTTTACACTATAGATATTGAGATTGTTATCCAGAAACCTGTT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AATTTCATACACTCTCTTCTTGGTATCTTCTACTTCTAACAACACATACATAGTTAAATGGAATCCCCATCCAAGTATTGCTTCCTAACCCTCATTGAACCTTGAAGTAATTCAGTGTAATCCTTACACTTGCACTCTTTCAGGGTTTAGGATGTATAATTGATTTAAGTTCAGCAACAtcaataatgcagtgtttttttgccATAATTCCTACATAAATGTGTTGCAATTACACCTGATGGATTTTCACAGTACAAAACAGTATTGGCAACTCACTGTAGAAACCCTGGTATTACCGCCATGTTCAGGCTTGTATTAACTCTAGGGTTCTCCAGTGTCAACAGGCCCATTTGCATATGATTctgcagaagaggcaggatggactcTATGGCATCAATTCACTCAGCATTTGCATGCATTTTAACATGACCACATTTGTGGCTGctgttgtaaatgacccttctaattattttatttcaggtACTGTGGATATGAGATACCTGAAAGCATCATTAGTACAGGTAAGATATAGGTGGCAGTGCCTGACACCTGTAGTACATTTGTGGAATACTTACCCATTACAGTGAACAGTAGGAGGATAAAGTACCCAAATTAAATCATTAGGAGTATACCCTGTTACAGAAATGACCAAGGAACCTAATGTTACCAATTGCACATTTTAGCAGCACAATCTGAGCTCTGCATAGATTAAAAATCTGACACAAGGTACAGAGAACATAGTAGCCCTGTACATAACACCTTACAAATTAATGGTAAAAATATCAAGTCTTTAGAGAAGTTGCACAAAAAGGACAACGATTTTTACTCAGAATTCCAGAGTAAAATTTCCACTAGATAGTAGAAGTATAGATGAGCACTGTGGTGTTTTAACAGTTGTGCACATAGTTGTGCACATAGCACTACCTCTAAAGATCTCAAATGAGCCCAATGGCTCCTAGAGAGTAAGAATTTCatcaggctaaaggtggccatagacagtgTCCGAACATCGGCCACTATTGCTGCTGACAGATATAATCAGAATTCTATtgttgaattctattgtttctttttttcaaaggtttttattttgcatttaaaaagacaaacaaaaatacaaataaagcaaacCATCAGGCTTGACACTTACATGACTGCTGTTTACAGttattatgtatatttagtaACAGTTTCAAAACTTAGAGCATGTAACATATTTTCCAGTTATCGGCGTACGCTTCAGGGCCAACCTAGAGCTCAGTCATCTGGTAGGGATGTGTGGGGGTTGACATCTAGCCAAGGTTCCCATATGTTCTCAAATTTACAGTGTGTTCCCCTAGCATTGTACGTCAGTTTGATTTGAGGCAATGTACCATTTATTAATTCAATCCATTGCTGAAGTGTAGGGGAGTTGGGgtgcattcattttattattactaactttTTTTCCGTAAAACAAAATAGATCGTAAAAGTATTCTGGATTTTTGTAGGAGCACTGCCTCATCTATAATACCCAATAAAAAAGTCTCCAGGGACTTAATTCCAGGAAAGTATAGGAATATATTAGTGTATCAGATTACTTCTGACCAGTACACTGCTAATCTAGGGAAATTCCATATCAAACGAAGGAAGCCCGCTTCTCCTCTACCGCATTTCACACATTTGGCTCTCTCTGATCTACCCATAGGGGTAATATAAATTTGATGGATCATTTTAAGTTGAACCATTCTGTCCCTAAATGATATTAGGCAGGGGTACAAATTATCCGTTGCCTCTTCCAGTTGGTCCTCCTCTAAAGAGGGAATAAGTGTCATCCATTTTTGTGTGGCTTTATTGAATGGGGagggaattctattgtttctaacaGTATACCTGATAATTCAGCTCTAAAActtctgtattgaaaacaaaccaactgtcacaggaaagattgtaattgtttcATCTGTAGCCCCCTAAGTCTATCAAGAACTTTGCAGAGGGAAAACTTCAATGGGGAACATTATTTAGGTTGAAGCCACACATACGTGATCAGCTAAAGGCTTTGCTTGATGCCATGCAACTAATGCATTCAGAGCAGAGGTCCCACTCCTCTGGTTTATACTGATTAAGACTTAGAAACCTCCAGTATAGGCACATTATTACCTAACATTTTCCAATAGAATTACGTGTGGTAGAGGCCAACCCTTATGCTAGTCTAATCATACCTCTCTGCAGTTATGATAAAACCTAAGTAGTTTCTGGTCTCTACCAGTAGGCCATGCCCGCAAAGTTGCCATACCATACCCAAACAAAAAGCTTGTGACCAGCTTGCAGTGAGACAAGCTTTTGCAAGACATTTCATGGAATATCACCCTTATAGTAATGGAATGTTTCTCTTCCAGGTAACGTCATGACTTTAAAGTTCCTATCAGATGGCTCAGTAACAGGAGGAGGTTTCCAGATCAAGTACACTGCTTTAGATTCAGAAAGAAATGGAGCCAATACATCCTCTGAAGCTAACAACGAATTAGAATATTGACAATGCCGACATAACACATTCacaatgtatgatttttttgtgtcaaaCAACACAAGGAAAGTCTTCAGTGGCATATCTTACAGAGAACTTACCTTTCTGCATGATCAGAACCTGGCATTTAATATGCATGGGACATGGGCACACTAAAACTTCTACAATCACATAAATTTAATTGATACTGAAGCTGGTACAGCTCTTAGGGTACATCTCCAACTGACTAaaagagatgatgatgatgattacctATTTGATGGACCCAAATGTAATCACTTTATAATTTATCCAATAACACCATCAGAATTTCACAAGTTCTGTCATTATATCTTGATTATCCCATAAATGGAGGGGGGGCTTCTATGATGCACAGTTGTAGTTCTTATATGCAAGCTTTATGCTTTTTATGTGCTGGCAGGTCTTGTGaaagttttgttttgttatgttatattgtttcGTGTTGGGAAGAATTTAGCTGTATTATGTTGGACTGTCCATCCAATTTACAGGCTAAGATAAACCTGTAgccaaatattttaaatgttcattCACAATTTAACTGCCAACTCCTCTAGGGGTGCACTCTATAAAATGTGCCTCTAAACAAAATATTCTTCATTCATCCACCTGTTTATCATGTTGTCTACACTAAGGCAGtcaaataaatgatgatagaAAGATTCCAAAGATGTATTATGAATATAACATATCCTACCTTACTGACcaaacttgggggcacatttaccaaaggacgaagtgactaacactgacGATGATTCCTTcgtcatttcattttattactttggcgatttactaacgggcgcaggcgtcacttcactagcgaaggagatagatgctagctcTGCTTCAcgctctaatgccaggcgaattttcactctggggAATAGacataactctgcaaattcaccaagatgcggatATTACtcaatgttacctctttcgtcagacttgccttcgccagctcagaccaggcaaagttcgatggagtgcataggacttcctcaatttttagtggaaaatttttcttaagtcccaaaaaac

CDS

Gene model

Entrez Gene

100490996

496285

108702956

mRNA

NCBI Nucleotide

>XM_002936659|PREDICTED: Xenopus tropicalis TNF alpha induced protein 6 (tnfaip6), mRNA
								AAGTCTGGTGGCCAGATGTTCCAGAAGCATTCAAGTCCGATGCAGGAGTGGTTTCCCCTGGAAGACGTTCTATTTAAATTGCTGGAAGATGAAAACTGTGATATTCTTAGTTTTGGTGTTCTTGGAAGAAACCTTTGGATGGGGATTTAAGAACGGAGTCCTCCACAATTCTATATGGTTGGAACAAGCAGCTGGAGTCTATCACAGGGAATCACGGAATGGAAAGTATAAACTTACCTATCGGGAGGCCAAAGCTGTGTGTGAATATGAGGGGGGGCGCCTGGCTACGTACGAGCAACTGGAAGCAGCGAGACAAATAGGTTTCCATGTATGCGCCGCTGGATGGTTGCACAAAGGAAGAGTCGGCTATCCCATAGTAAAGCCTACATTTAACTGTGGGTTCGGAAAGAAAGGCATCATAGATTATGGATTTCGGCTAAACAAAAGTGAACGATGGGACACCTACTGCTACAATCCCCACTCAAAAGAGTGTGGCGGGGTGCTCACAGAGCCAGAGCGCATCATTAAATCCCCTGGATATCCAAATAACTATGAAAATGACCAGATTTGCTACTGGCATATCCGGGTCAATTATGGCCAGCGCGTTTTTATAGAGTTTCTGGACATTGACATCGAAGAGGACATCGACTGCCTGTCCGATTACTTTGAAATATATGACAGCTATGATGACATTCATGGGTTGGTAGGAAGGTACTGTGGTTATGAGCTTCCTGACAGCATCATTAGTACAGGTAACGTCATGACTCTAAAGTTCCTGACGGACCGCTCGGTCAGTGGAGGAGGCTTCCAGATCAAGTACACTGCCATAGACTTACCCTCAAAACAAAGTGATGGAGCCAATGCATCCTCCGAGGCATACAACGAATTTGAATACTGACAGCCCCGACATAACCATTCACTATGTCTCAGTATTGTTTCCATGGTCAACCGGACACAGCAAGAGCTTCAGTGGGAGATCTTAGATCTTACAGATACAGAGACATTTCTTTTTTGCATATTGTCAGATGATCAGAACCTGGCATTTAGTATGCATGGGGTGCCTGAGTTTGTACAGCAACCACACACACTAGAACTACTACTATTACATAGATTTAGTTGATATGAAGCTGGTACAACATTGTGGGTACATCTTCAGCCCACTAAAAGGGATGAAGATTACATCTTCTTTGGTGACCTAAATTGACCATTTTTCAATTTATCCCATGACACTATAAGAATTTGACAAGTTCTCTCATTATATAACTATAACCATTTCATCTTTTTGACATGTTGATCTTTCCATAAGTGAGCTATTGATCTTGAGAAAGGGACTTTTTTGTTACATGTTTATTTTTTGGTGCTAAGTACCCGGGAAGTCTTTAACTGTAAAAGTTTGAGTGCCCATCCTATGTACCTGTTTGTACTTAAACATCAACAAATGACAGGCAACAGGTTGGGTGAACATATACAGTATAAAGTCTTATTGCCCCCATCTTGCCTTACTGCTGCTATTTTGCCCTACTATGCCTACTCTATATTTTATAGAGGCCCAGAATGAAACAGACATAGTTCCCATGAAGGTGTATATTTTGTGATTCACTGTCGACTGAGCACTATTGAAACTTGGAAACAAGCAAGGCAGGAACTAACAAACCTGTAGTTAACCAGATAACTTTTAGTCAAGCAGAGGAACATTCGCAGGCTGAGATCGGCGTATAGCCAAAGCATCAGAATGTTCCATTCAAAATGTAACTGCCTACTCCAACACGGATGCACTCTATAAACTGTGCCTCTGTACAAAATGAACTTCTTTTATCCACCTCTATTATCTTGTTGTCTACATCAAAGCAGTGAAACATGCGATGAAAGGAAGATCCAATGATGTATTACAAATGTCATATATCTTCACTTTACTGACCAAACTAAAATGGAATGCCAACTTTACTTCTGGGTAATAGGCAAATATAGCAATATCTGGTGCAACAACCAAATATGCATCTCACCCTCTTTTTGAATAAAGGTGTTTATGGTTTCTGAA

RefSeq

NCBI Nucleotide

Protein

NCBI Protein

RefSeq

More..

NCBI Protein

TrEMBL

Genomic

X. tropicalis

X. laevis.L

X. laevis.S

Genome Browser

(Click image to open in Genome Browser)

Genomic Synteny

Genomicus PANTHER

Expression

Development Stages

Embryonic Tissues

Adult Tissues

Summary for

More Information

Xenbase Expression Details

In situ images

Single cell data at SPRING

Ensembl

Proteomics

X. tropicalis

X. laevis.L

X. laevis.S

Embryonic Protein Expression

Stage profile:

Data Mining

X. tropicalis

X. laevis.L

X. laevis.S

XenMine

tnfaip6

tnfaip6.L

tnfaip6.S

Orthology

Knowledgebases

Entrez Gene

Genetic Phenotypes

Gene Expression

human

HGNC AGR, OMIM:Gene, GeneCards

TNFAIP6

OMIM

Ensembl, Allen Brain Atlas, Protein Atlas

mouse

MGI, AGR

Tnfaip6

MGI, IMPC

Ensembl, Allen Brain Atlas, Eurexpress, MGI

rat

RGD, AGR

Tnfaip6

Ensembl

zebrafish

ZFIN, AGR

tnfaip6

ZFIN

Ensembl

chicken

GEISHA

TNFAIP6

Ensembl

fruit fly

worm

Publications

First

Embryonic poly(A)-binding protein (EPAB) is required for oocyte maturation and female fertility in mice., Biochem J 2012

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Functional Ontologies

X. tropicalis

X. laevis.L

X. laevis.S

10 terms

2 terms

PANTHER

tnfaip6

KEGG Pathways

K19018

KOG

[T] Proteins containing Ca2+-binding EGF-like domains

Reagents

X. tropicalis

X. laevis.L

X. laevis.S

CRISPRscan Tracks

tnfaip6

ORFs

tnfaip6.L ORF1

Clones

Horizon Source BioScience

Horizon

Plasmids

Addgene

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