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XB-ART-51300
Dev Biol. December 15, 2015; 408 (2): 345-57.

The Xenopus ORFeome: A resource that enables functional genomics.

Grant IM , Balcha D , Hao T , Shen Y , Trivedi P , Patrushev I , Fortriede JD , Karpinka JB , Liu L , Zorn AM , Stukenberg PT , Hill DE , Gilchrist MJ .


Abstract
Functional characterisation of proteins and large-scale, systems-level studies are enabled by extensive sets of cloned open reading frames (ORFs) in an easily-accessible format that enables many different applications. Here we report the release of the first stage of the Xenopus ORFeome, which contains 8673 ORFs from the Xenopus Gene Collection (XGC) for Xenopus laevis, cloned into a Gateway® donor vector enabling rapid in-frame transfer of the ORFs to expression vectors. This resource represents an estimated 7871 unique genes, approximately 40% of the non-redundant X. laevis gene complement, and includes 2724 genes where the human ortholog has an association with disease. Transfer into the Gateway system was validated by 5'' and 3'' end sequencing of the entire collection and protein expression of a set of test clones. In a parallel process, the underlying ORF predictions from the original XGC collection were re-analysed to verify quality and full-length status, identifying those proteins likely to exhibit truncations when translated. These data are integrated into Xenbase, the Xenopus community database, which associates genomic, expression, function and human disease model metadata to each ORF, enabling end-users to search for ORFeome clones with links to commercial distributors of the collection. When coupled with the experimental advantages of Xenopus eggs and embryos, the ORFeome collection represents a valuable resource for functional genomics and disease modelling.

PubMed ID: 26391338
PMC ID: PMC4684507
Article link: Dev Biol.
Grant support: R01 HD069352 NICHD NIH HHS , P40 OD010997 NIH HHS , R01 HD069352 NICHD NIH HHS , P41 HD064556 NICHD NIH HHSMedical Research Council , Cancer Research UK, R01HD069352 NICHD NIH HHSWellcome Trust , P40 OD010997 NIH HHS , T32 CA009109 NCI NIH HHS , R01 HD069352 NICHD NIH HHS , P41 HD064556 NICHD NIH HHSMedical Research Council , Cancer Research UK, R01HD069352 NICHD NIH HHSWellcome Trust , P40 OD010997 NIH HHS , T32 CA009109 NCI NIH HHS , R01 HD069352 NICHD NIH HHS , P41 HD064556 NICHD NIH HHSMedical Research Council , Cancer Research UK, R01HD069352 NICHD NIH HHSWellcome Trust , P40 OD010997 NIH HHS , T32 CA009109 NCI NIH HHS

Genes referenced: ids kif2c picalm.1

ORFs referenced: Anp32b ORF1 Arf6 ORF1 Arpp19 ORF1 C3H-1 ORF1 Cam ORF1 Copz1 ORF1 Cry1 ORF1 CypA ORF1 ECT2 ORF1 EEF1D ORF1 FKBP1B ORF1 FKBP1B ORF2 GATA-5a ORF1 GPC ORF1 GPM6B ORF1 Gbx2b ORF1 Gnat1 ORF1 HIF-1a ORF1 HMG-1 ORF1 ICLN ORF1 KIAA0205 ORF1 LAP2 ORF1 LOC100036778 ORF1 LOC100036785 ORF1 LOC100036796 ORF1 LOC100036797 ORF1 LOC100036800 ORF1 LOC100036803 ORF1 LOC100036815 ORF1 LOC100036818 ORF1 LOC100036820 ORF1 LOC100036823 ORF1 LOC100036824 ORF1 LOC100036828 ORF1 LOC100036837 ORF1 LOC100036845 ORF1 LOC100036851 ORF1 LOC100036853 ORF1 LOC100036860 ORF1 LOC100036864 ORF1 LOC100036865 ORF1 LOC100036870 ORF1 LOC100036872 ORF1 LOC100036876 ORF1 LOC100036877 ORF1 LOC100036878 ORF1 LOC100036879 ORF1 LOC100036880 ORF1 LOC100036881 ORF1 LOC100036882 ORF1 LOC100036891 ORF1 LOC100036895 ORF1 LOC100036897 ORF1 LOC100036900 ORF1 LOC100036902 ORF1 LOC100036904 ORF1 LOC100036918 ORF1 LOC100036932 ORF1 LOC100036933 ORF1 LOC100036942 ORF1 LOC100036945 ORF1 LOC100036967 ORF1 LOC100036976 ORF1 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References:
Altschul, 1990, Pubmed[+]


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