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Dev Biol December 15, 2015; 408 (2): 345-57.

The Xenopus ORFeome: A resource that enables functional genomics.

Grant IM , Balcha D , Hao T , Shen Y , Trivedi P , Patrushev I , Fortriede JD , Karpinka JB , Liu L , Zorn AM , Stukenberg PT , Hill DE , Gilchrist MJ .

Functional characterisation of proteins and large-scale, systems-level studies are enabled by extensive sets of cloned open reading frames (ORFs) in an easily-accessible format that enables many different applications. Here we report the release of the first stage of the Xenopus ORFeome, which contains 8673 ORFs from the Xenopus Gene Collection (XGC) for Xenopus laevis, cloned into a Gateway® donor vector enabling rapid in-frame transfer of the ORFs to expression vectors. This resource represents an estimated 7871 unique genes, approximately 40% of the non-redundant X. laevis gene complement, and includes 2724 genes where the human ortholog has an association with disease. Transfer into the Gateway system was validated by 5'' and 3'' end sequencing of the entire collection and protein expression of a set of test clones. In a parallel process, the underlying ORF predictions from the original XGC collection were re-analysed to verify quality and full-length status, identifying those proteins likely to exhibit truncations when translated. These data are integrated into Xenbase, the Xenopus community database, which associates genomic, expression, function and human disease model metadata to each ORF, enabling end-users to search for ORFeome clones with links to commercial distributors of the collection. When coupled with the experimental advantages of Xenopus eggs and embryos, the ORFeome collection represents a valuable resource for functional genomics and disease modelling.

PubMed ID: 26391338
PMC ID: PMC4684507
Article link: Dev Biol
Grant support: [+]
Genes referenced: ids kif2c picalml
ORFs: FKBP1B ORF1 FKBP1B ORF2 GATA-5a ORF1 GPC ORF1 Gnat1 ORF1 HIF-1a ORF1 HMG-1 ORF1 KIAA0205 ORF1 LAP2 ORF1 LOC100036778 ORF1 LOC100036800 ORF1 LOC100036818 ORF1 LOC100036820 ORF1 LOC100036823 ORF1 LOC100036824 ORF1 LOC100036828 ORF1 LOC100036845 ORF1 LOC100036860 ORF1 LOC100036877 ORF1 LOC100036881 ORF1 LOC100036891 ORF1 LOC100036895 ORF1 LOC100036897 ORF1 LOC100036900 ORF1 LOC100036902 ORF1 LOC100036918 ORF1 LOC100036967 ORF1 LOC100036976 ORF1 LOC100036994 ORF1 LOC100036997 ORF1 LOC100037026 ORF1 LOC100037027 ORF1 LOC100037030 ORF1 LOC100037032 ORF1 LOC100037034 ORF1 LOC100037035 ORF1 LOC100037064 ORF1 LOC100037080 ORF1 LOC100037084 ORF1 LOC100037085 ORF1 LOC100037087 ORF1 LOC100037088 ORF1 LOC100037107 ORF1 LOC100037113 ORF1 LOC100037118 ORF1 LOC100037128 ORF1 LOC100037141 ORF1 LOC100037145 ORF1 LOC100037163 ORF1 LOC100037177 ORF1 LOC100037181 ORF1 LOC100037190 ORF1 LOC100037193 ORF2 LOC100037197 ORF1 LOC100037204 ORF1 LOC100037207 ORF1 LOC100037215 ORF1 LOC100037235 ORF1 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Altschul, 1990, Pubmed [+]

Xenbase: The Xenopus laevis and X. tropicalis resource.
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